黄蜡石的原岩均为硅质岩，各种原岩受到构造变动、火山活动、热液作用等影响，产生复杂的物理和化学变化，包括重结晶、热变质等，导致矿物成分及结构构造的变化，后受构造变动的影响，岩石露出地表，与地表酸性土壤环境长期接触，或在溪流中长期磨蚀，经历染色、磨圆，形成河谷中的籽料。
黄蜡石的岩石为石英岩，是一种分布广泛、成因多样、由二氧化硅组成的岩石。石英岩从成因上又可分为岩浆岩类石英岩和变质岩类石英岩两种类型，岩浆岩类石英岩由富含二氧化硅岩浆冷凝而成，缓慢冷凝，形成了显晶质石英，迅速冷凝，则形成隐晶质石英。变质岩类石英岩主要有因化学或生物化学作用形成的硅质岩、硅质胶结的石英砂岩和沉积作用形成的石英砂岩，其中石英砂岩在一定温度、压力下产生变质作用，形成新的石英岩，是形成黄蜡石的重要基础。